《机动战士高达F91》的电影版于1991年3月16日上演，影片描写0123年3月16日至3月30日“克洛斯邦·班卡多动乱”（Crossbone Vanguard）时期的故事。 U.C.0123年3月16日，殖民卫星FRONTIER SIDE遭到自称C.V（死亡先锋）的迷之MS部队袭击，造成FRONTIER Ⅳ的 500 多居民死亡、 14 万人避难。 在避难的人群中有GUNDAM F91开发者之一梅凌·亚诺博士的一对子女西布顿（シ—ブック アノ—）、丽诗，以及罗拿家族的次女贝拉·罗拿，又名茜茜莉·费尔齐。罗拿家族是 C.V的领导者，提倡贵族主义并欲统一殖民卫星、建立宇宙巴比伦空中花园。茜茜莉的母亲娜迪亚不满于家族的束缚而和一名叫史奥·费尔齐的下人私奔，当她发现史奥卑劣的人格后又抛下自己的女儿不知所踪。当西布顿等人来到码头，在其父洛士尼·亚诺的带领下登上小型穿梭机时，茜茜莉在其养父史奥的胁迫下，离开西布顿和自己的哥哥度雷一起返回罗拿家。逃到FRONTIER Ⅰ的西布顿一行，遇到了联邦军的练习船舰“宇宙方舟”。 3月19日至22日，C.V开始进攻FRONTIER Ⅱ、 Ⅲ并将其压制。因为缺少人手，西布顿他们被拉入联邦军帮忙，也因此发现其母亲开发的F91 亦在此方舟内（采用了生物电脑的F91，事实上是专为NEW TYPE设计的）。 丽诗还替机械师解答了母亲在F91生物电脑中留下的迷题， 这使得每启动一次就会出故障的F91终于被完成了， 又因“宇宙方舟”上只得比基特一位驾驶员，故西布顿被推上 F91的驾驶舱，他的NEW TYPE能力也开始渐渐地觉醒了。另一方面，回到罗拿家的茜茜莉受到祖父马尔捷的热烈欢迎， 并想让她成为宇宙巴比伦空中花园的女王。被祖父一番剖白打动的茜茜莉剪去长发打算留在罗拿家，并开始学习驾驶MS，教她驾驶MS的查贝尼（C.V 中最强的“黑之部队”队长）亦发现茜茜莉也是NEW TYPE。 3月26日，C.V的最高指挥官铁假面（茜茜莉的父亲，原名卡罗素，因妻子和别人私奔而戴上面具遮丑，乃是强化人类）在FRONTIER Ⅳ发表宇宙巴比伦宣言。 而西布顿亦趁机潜入罗拿家的别墅，欲带走茜茜莉未果，反而连累了自己的父亲。回到“宇宙方舟”，和分别多时的母亲相遇，不免责怪其母抛下他和丽诗埋头于工作中。当西布顿和他的母亲尽释前嫌时，茜茜莉的母亲娜迪亚亦逼着史奥带她去见自己的女儿，并要茜茜莉离开罗拿家。不听母亲劝告的茜茜莉扬长而去，此时娜迪亚发现站在她身后的史奥已被铁假面所杀，紧接着自己也被C.V的士兵抓了起来。 3月30 日， 不知情的茜茜莉与查贝尼一起奉命佯攻FRONTIER Ⅰ，而铁假面则带着他的舰队占领FRONTIER Ⅰ的能量供应装置替其秘密武器“巴克”提供能源。查贝尼的部下玛安娜.布尔芝因嫉妒其上司对茜茜莉的过分关怀而倒戈，投奔“宇宙方舟”，和西布顿等人一同…